Showing posts with label Kimia Sains dan Komputer. Show all posts
Showing posts with label Kimia Sains dan Komputer. Show all posts

Mar 9, 2017

Awal Berkenalan Linux

ini lanjutan cerita mas Adit...

Diam-diam, saya mulai meniru cara belajar mas Adit. Meski tidak pada semua kuliah, tapi setidaknya saya mulai punya banyak waktu selain cuma "ngurusi" kuliah. Waktu luang selain "ngurusi" kuliah, saya manfaatkan untuk belajar yang lain.

Saat itu, saya sudah semester 3. Mas Adit juga sudah berubah status. Dia sekarang jadi mahasiswa S2, sama seperti saya. Jadi, kami lebih sering ketemu di lab komputasi.

Oh ya.., lab komputasi tempat kami penelitian isinya Linux semua. Bahkan ada larangan menyalakan laptop sendiri jika OSnya masih Windows, apalagi jika Windowsnya bajakan. Bisa kena teguran dan dipermalukan. Haha..,

Tentu saja aturan itu membuat saya kesulitan. Maklum saja, saya pengguna windows dan sudah lumayan mahir.

Mau tidak mau, saya harus belajar Linux. Dari nginstall, ndandani, hingga menggunankannya. Alhamdulillah ada mas Adit yang mau mengajari. Maka mulailah saya beraktivitas di lab itu.

Tapi, itu hanya saya lakukan di lab. Di rumah (kost), laptop sy tetap menggunakan windows yang bajakan, termasuk microsoft officenya. Hingga suatu saat mas Adit tahu ttg itu. Dia tahu melalui putty yg saya gunakan untuk menghubungkan antara windows dan linux di lab. Haha..  orang pintar mau dikibulin, gw kalah..

Sejak itu, diskusi ttg software bajakan, mulai ramai di lab. Saya tidak berkutik menghadapi orang-orang pintar dan idealis di lab ini. Bahkan dengan pasrah, saya terima nasehat (baca: ceramah agama) mereka:

"Mas, kita inikan lagi belajar, lagi nuntut ilmu. Masa nuntut ilmu pake software bajakan, ngerjain tugas pake software bajakan, ngerjain tesis pake software bajakan. Trus besok, bikin surat lamaran pake software bajakan juga?"

Astagfirullah..., sy yg alumni UIN, dikenal alim oleh mereka, jenggotan pula. Kini sedang diceramahi oleh mereka yg alumni ITB, lebih muda, dan tidak keliatan lebih alim dari saya. Harga diri mana?!!,

Saya diam membisu, terpojok oleh kebenaran yang sudah tampak nyata. Hening. Lumayan lama. Hingga alhamdulillah hati saya tenang dan mau mengalah..

Sejak itu, saya belajar Linux bukan lagi karena keharusan di lab. Tapi karena saya ingin menghapus Windows bajakan di laptop saya dan menggantinya dgn Linux.

alhamdulillah :)

Share:

Mar 6, 2017

Perintah Dasar VIM Editor

Perintah standard pada Vim Editor :
  • vim nama-file adalah command untuk membuat file baru atau mengedit file. Apabila nama file belum ada, maka dengan perintah tersebut akan membuat file baru, apabila nama file suadah ada, maka perintah vim nama-file berfungsi untuk mengedit.
  •  i adalah command untuk mengedit file, cirinya akan muncul tulisan –INSERT– pada baris paling bawah. Artinya, Anda belum bisa mengedit file walaupun sudah mengetikan vim nama-file.
  • :w adalah command untuk save. Harap diperhatikan, setelah editing file apabila ingin menyimpan, keluar, (command-command di bawah ini) maka terlebih dahulu tekan Esc pada keyboard.
  • :w nama-file-baru adalah command untuk menyimpan file dengan nama berbeda (Save As).
  • :wq berarti write and quite, artinya menyimpan file dan keluar dari vim editor
  • :q! adalah keluar tanpa menyimpan perubahan

Share:

Gagal Install ChemCraft di Linux, Solusinya?

Kalo gagal karena ini

“./Chemcraft.sh: line 4: /home/$user/Chemcraft/Chemcraft/Chemcraft: Not a directory”.

Buka ChemCraft.sh, ganti baris ini

KYLIX_BIN=”/home/$USER/Chemcraft/Chemcraft/lib”

menjadi

KYLIX_BIN=”/home/$USER/Chemcraft/lib”

dan

/home/$USER/Chemcraft/Chemcraft/Chemcraft $1

menjadi

/home/$USER/Chemcraft/Chemcraft/ $1

Setelah itu save dan jalankan Chemcraft.sh

$ ./Chemcraft.sh



Share:

Apr 20, 2016

Cara Install Chemissian di Wine Linux

Chemissian adalah software untuk analisis struktur elektronik dan spektrum suatu molekul. Kemampuan dapat menampilkan diagram tingkat energi orbital molekul (Hartree-Fock dan Kohn-Sham orbital), UV-VIS spektrum elektronik, orbital transisi, kerapatan elektron, dan lain-lain.  Tampilan grafisnya sangat user friendly serta daapt membaca output berbagai software seperti Gaussian, US-Gamess Us, Firefly / PC-Gamess Us, Q-Chem, Molpro, NWChem, ORCA, Turbomole dan Spartan.

Share:

Mar 30, 2016

Generate PDF untuk Respondent pada Google Form

Salah satu trik Google Form yang jarang diketahui adalah menggenerate file PDF sebagai bukti pengisian form. Misalnya, seorang responden telah mengisi form, apakah yang bersangkutan dapat menerima secara otomatis salinan PDF datanya sebagai bukti telah mengisi form tersebut. Jawabnya, bisa. Setelah mengisi form responden akan menerima salinan PDF data yang telah ia isi melalui emailnya.

Share:

Mar 17, 2016

Format File Input dan Ouput Software Kimia Komputasi

Format file digunakan untuk mendefinsikan nama atom dan posisinya pada suatu senyawa dalam bentuk koordinat baik kartesian atau z-matriks. Dalam bahasa yang lebih sederhana mungkin bisa dibayangkan jika kita menggambar metana, bagaimana sih agar posisi dan atom dari metana tadi ditulis agar bisa dibaca sebuah program.
File format bisa dibagi menjadi dua macam, common file format dan spesific file format. Common file format adalah format file yang secara umum digunakan dan bisa dibaca oleh berbagai macam program. Common file format digunakan untuk mem-preparasi struktur yang akan digunakan sebagai input sebuah program. Contoh dari common file format antara lain file pdb (protein data bank), mol, mol2, xyz. Dengan common file format kita bisa membuat file antar program, misalnya menggambar di HyperChem kemudian disimpan sebagai .pdb dan dibuka kembali menggunakan GaussView atau Avogadro
Share:

Software Kimia Berbayar

Di dunia ini banyak sekali software kimia, tidak cuma software yang berdiri sendiri, tetapi ada juga software yang merupakan bawaan dari instrumen, misalnya XRD, IR dan NMR. Pada tulisan ini akan dibahas software yang digunakan simulasi, pemodelan, dan dan optimasi molekul.

1. HyperChem
HyperChem merupakan software kimia yang menawarkan beragam fungsi mulai dari perhitungan standar kimia komputasi, simulasi yang meliputi dinamika molekular, monte carlo, langevin, QM-MM. HyperChem merupakan software yang paling mudah digunakan baik dari mulai “menggambar” struktur yang click-drag, menu-menu yang mudah dipahami, mendukung beberapa script Tcl, pesan error yang mudah dimengerti, dll.
HyperChem memiliki fitur untuk “menggambar” struktur dan fitur untuk perhitungan yang saling terintegrasi. Jadi setelah selesai menggambar tinggal di build lalu dioptimasi. Banyak dosen yang mengajar menggunakan HyperChem, ya karena mudah digunakan tadi. 
Share:

Mar 16, 2016

Titik Akhir Cintaku

Mencintaimu
Seperti berusaha mengisi unsur tanpa elektron sunyi
Percuma kau telah terisi tak ada lagi ruang kosong dihatimu
Bagaimana kubisa bersama mu kalau seperti itu?
Kau terlalu jauh untuk kugapai

Walau aku telah menambahkan asam kuat pekat
pHku tetap tak bisa menyamaimu

Akupun tak bisa seperti Mn dan Cr
Yang selalu bersama-sama

Akhirnya
Aku hanya bisa melihatmu dari kejauhan
Memandangmu penuh kekaguman
Tanpa reaksi yang berarti

Saat kau tersenyum
Kusembunyikan hatiku
Karena senyummu selalu
memancarkan spektrum-spektrum emisi
yang dapat mencapai lamda maks dihatiku

Aku takut... aku takut
bila grafik dihatiku telah mencapai lamda maks
dan tiba-tiba nilai lamda yang kudapat selajutnya harus jatuh
Apa yang harus kuperbuat dengan hatiku ini?
Yang terlanjur larut dalam cinta

Tolong… aku tak mau tersakiti
Oleh korosifnya cinta

Apa yang harus kuperbuat?
Untuk mencapai titik akhir cintaku
Dan mendapatkan warna lembayung yang indah
Seperti siluet senja ketika malam menjemput

Share:

Mar 13, 2016

Curhat Kimia

Sayang.....
Kau bagai HCl..
Kepekatan asammu menetralkan hatiku yg basa....

Sayang.....
Semoga kita selalu berada dalam lingkaran reaksi redoks abadi.....

Sayang......
Aku koq ngawur yach yang....

Pokoknya I love you deh yang...
Share:

Mar 12, 2016

Aliran Kimiawi Cinta

Jika kita bertanya pada orang-orang dewasa ataupun yang telah uzur, sebuah pertanyaan yang menggelikan tetapi sangat menarik, "Kalau Anda ingin kembali ke masa muda, masa manakah yang akan Anda pilih?", kira-kira bagaimana jawaban mereka?

Pastilah kebanyakan dari mereka akan langsung menjawab ingin kembali ke masa SMU dengan alasan yang beraneka ragam. Tetapi salah satu jawaban yang pasti adalah ketertarikan mereka pada lawan jenis dengan berjuta-juta jalan cerita yang tak kunjung usai untuk diceritakan. Mereka mengakui bahwa ketika bertatapan dengan kecengan atau pada saat berada di dekat dia atau waktu ngobrol sama dia, akan timbul perasaan yang tidak dimengerti (tidak biasanya terjadi), seperti perasaan canggung/kikuk, malu, salah tingkah, atau perasaan dag-dig-dug nggak karuan. 

Share:

Mar 10, 2016

Mar 7, 2016

Excel Interaktif untuk Kimia


Excelets sendiri merupakan simulasi pemodelan matematika yang mengunakan aplikasi spreadsheet excel (bisa juga diterapkan untuk openoffice.org). Jadi Chemical Excelets adalah excelets yang dibuat untuk perhitungan matematis untuk kimia (dalam hal ini adalah kimia umum) untuk kimia yang lebih spesfik kita bisa menelusuri pranala yang diberikan pada web yang memberikan Chemical Excelet itu.



Share:

Aplikasi Menggambar Molekul Kimia

Ketika temen-temen akan menggambar struktur kimia suatu molekul, aplikasi apakah yang temen-temen gunakan? Mungkin jika temen-temen belum tahu aplikasi yang digunakan untuk menggambar struktur kimia, temen-temen akan menggunakan aplikasi grafis vektor yang umum seperti CorelDraw, Inkscape atau yang lain. Aplikasi-aplikasi tersebut memang bisa digunakan untuk menggambar struktur kimia, tetapi agak sulit karena memang aplikasi-aplikasi tersebut didesain bukan untuk menggambar struktur kimia.

Berikut ini adalah 10 aplikasi yang dapat digunakan untuk menggambar struktur kimia suatu molekul, baik 2D maupun 3D.

1. ChemDraw
chemdraw
ChemDraw merupakan suatu molekul editor yang dikembangkan oleh CambridgeSoft yang termasuk dalam paket ChemOffice Suite. Aplikasi ini sangat mudah digunakan, tersedia dalam versi Windows dan Mac OS X. Aplikasi ini memiliki beberapa fitur antara lain konversi dari struktur kimia ke nama, nama ke struktur kimia, simulasi spektrum NMR, simulasi spektrum massa, template struktur kimia, eksport ke svg (versi Windows) dan eksport ke pdf (versi Mac OS X).
 
2. ChemSketch
chemsketch
ChemSketch merupakan aplikasi pemodelan molekul yang digunakan untuk membuat dan memodifikasi gambar struktur kimia. Molekul yang dibuat dapat ditampilkan dalam bentuk 2D maupun 3D. Aplikasi ini dikembangkan oleh ACD/Labs. Program ini menawarkan beberapa fitur yang memungkinkan rotasi molekul untuk meningkatkan visualisasi. Aplikasi ini juga memiliki beberapa template dengan ion dan gugus fungsi. Tersedia dalam versi Windows dan Mac OS X. Unduh ChemSketch 12 (versi Windows)
 
3. BKChem
bkchem
BKChem merupakan freeware yang dapat digunakan untuk menggambar struktur kimia suatu molekul. Aplikasi ini dikembangkan oleh Beda Kosata dan diditribusikan dibawah lisensi GNU GPL. BKChem tersedia dalam versi Windows, Mac OS X dan Linux. Unduh BKChem (versi Windows). Untuk versi Linux dapat diunduh dari Software Center.

4. Marvin Sketch
 marvinsketch
Marvin Sketch dikembangkan oleh ChemAxon Ltd. Unduh Marvinbeans 5.4.1.0 (versi Windows)
 
5. ChemTool
Chemtool
ChemTool tersedia dalam versi Linux. ChemTool dapat diunduh dari Software Center distribusi Linux yang Anda gunakan.

6. GChemPaint Chemical Structures Editor
GChemPaint Chemical Structures Editor
GChemPaint Chemical Structures Editor tersedia dalam versi Linux. GChemPaint Chemical Structures Editor dapat diunduh dari Software Center distribusi Linux yang Anda gunakan.

7. EasyChem Chemical Structures Editor
EasyChem Chemical Structures Editor
EasyChem Chemical Structures Editor tersedia dalam versi Linux. EasyChemChemical Structures Editor dapat diunduh dari Software Center distribusi Linux yang Anda gunakan.

8. JMol
jmol
Jmol merupakan perangkat lunak bebas dan terbuka yang dikembangkan oleh Jmol Team. Jmol tersedia dalam versi Windows maupun Linux.Unduh Jmol (versi Windows). Untuk dapat menggunakan Jmol versi Windows, komputer harus sudah terpasang Java. Dapat diunduh di java.com. Jmol versi Linux dapat diunduh dari Software Center.

9. Avogadro
avogadro
Avogadro merupakan molecular builder/editor yang bersifat bebas dan terbuka dibawah lisensi GNU GPL. Aplikasi ini tersedia dalam versi Windows, Mac OS X dan Linux.

10. Hyperchem
hyperchem
Hyperchem merupakan aplikasi pemodelan molekul yang dapat digunakan dengan mudah untuk membuat suatu model struktur suatu molekul baik 3D maupun 2D. Unduh Hyperchem 8.0.8 (versi Windows)
Share:

Aplikasi Kimia untuk Linux

Beberapa aplikasi kimia yang sering dipakai Linux:



1. Avogadro
avogadro
Avogadro merupakan molecular builder/editor yang bersifat bebas dan terbuka dibawah lisensi GNU GPL. Aplikasi ini tersedia dalam versi Windows, Mac OS X dan Linux.

Share:

Feb 29, 2016

Ilmuwan, Mari Berlapang Dada

Jika ilmu dianggap sebagai produk, maka ilmuwan adalah orang yang menghasilkan, menyebarkan, dan mengembangkan ilmu pengetahuan. Definisi ini menunjukkan bahwa ilmuwan bukan hanya bekerja sebelum produknya terbentuk, tapi juga setelah produknya terbentuk. Ibaratnya, ilmuwan bukan hanya sebagai mesin yang menghasilkan produk, tapi juga sebagai tenaga marketing yang harus memasarkan produknya. Bahkan lebih dari itu, ilmuwan juga berperan sebagai customer service yang siap menerima keluhan jika produknya bermasalah. Jadi sederhananya, ilmuwan adalah pelaku tunggal dalam industri ilmu pengetahuan.
Share:

Kasus Mirna: Penyalagunaan Sains

Kasus kematian Wayan Mirna Salihin yang sekarang ini mencuat adalah salah contoh penyalahgunaan sains. Pemberitaan di media menyebutkan Mirna meninggal setelah minum kopi. Hasil otopsi menunjukkan terjadi perdarahan pada lambung Mirna. Kepala Bidang Kedokteran dan Kesehatan Kepolisian Daerah Metro Jaya, Kombes Musyafak mengatakan perdarahan pada lambung tersebut mengindikasikan ada yang tidak wajar pada kematian Mirna. Pendarahan pada lambung, menurut Musyafak, dapat terjadi ketika lambung kemasukan zat yang bersifat korosif, seperti sianida. Kemungkinan zat tersebut bersifat asam sehingga merusak mukosa lambung yang akhirnya menyebabkan kematian.
Share:

Rasa Ingin Tahu Saintis

Rasa ingin tahu adalah motivasi paling agung dan alami dalam sains. Itulah yang mendorong ilmuwan sejati dalam melakukan perenungan dan penelitian. Jadi, bukanlah tuntutan uang, bukan ketenaran, bukan kemanfaatan, bukan trend, bahkan bukan pula publikasi ilmiah yang mendorong para ilmuwan perintis jaman dalam membuka jalan bagi kemajuan umat manusia dewasa ini. Kita simak ungkapan Newton yang terkenal itu:

 “... I seem to have been only like a boy playing on the sea-shore, and diverting myself in now and then finding a smoother pebble or a prettier shell, whilest the great ocean of truth lay all undiscovered before me."
Share:

Format Pohon untuk Directory di Terminal Linux

Agar memudahkan dalam pencarian file di terminal Linux, kita dapat memanfaatkan yang bernama Tree. Tree digunakan untuk menampilkan struktur directory di terminal Linux dengan format pohon. Berikut ini gambaran format pohon directory terminal Linux

Untuk menginstall tree, ketik coomand berikut di terminal Linux
   
sudo apt-get install tree

Untuk menampilkan struktur directory dalam format pohon, ketik command
   
tree /etc

Pada /etc, dapat anda ganti sesuai nama directory yang anda butuhkan.

Selamat mencoba
Share:

Feb 17, 2016

Install WhatsApp di Linux 32 Bit

Cara menginstall WhatsApp pada Linux 32 Bit
  1. Install Android Emulator, download Android SDK (Android Emulator) di http://www.2daygeek.com/install-android-emulator-sdk-in-linux/, kemudian install dan update.
  2. Install android pada emulator tersebut. Jangan lupa memberi ruang untuk SD Card.
  3. Masuk ke /.profile, tambahkan: export ANDROID_EMULATOR_FORCE_32BIT=true
  4. Kemudian source .profile atau kalau perklu restart ulang
  5. Lanjutkan dengan sudo apt-get install android-tools-adb
  6. Download apk WhatsApp sudo wget http://www.whatsapp.com/android/current/WhatsApp.apk
  7. Install WhatsApp sudo adb install WhatsApp.apk
  8. Nyalakan android pada emulator. Lihat pilihan menu, sudah tersedia icon WhatsApp.
  9. Selesai
  10. Untuk copy dari drive PC ke SD Chard. Gunakan adb push <......>   /sdcard/<......>

Share:

Feb 2, 2016

Install ECCE pada Linux 32 Bit

1. PROSES KOMPILASI
 
Download source ECCE 32 bit di http://ecce.emsl.pnl.gov/using/download.shtml

Pada terminal:

sudo apt-get install bzip2 build-essential autoconf libtool ant pkg-config gtk+-2.0-dev libxt-dev csh gfortran openjdk-7-jdk python-dev libjpeg-dev imagemagick xterm

Jika ada masalah, misal muncul:
E:Encountered a section with no Package: header
E:Problem with MergeList /var/lib/apt/lists/extra.linuxmint.com_dists_rebecca_main_i18n_Translation-en
E:The package lists or status file could not be parsed or opened.

Solusinya:
sudo rm /var/lib/apt/lists/* -vf
Share: