Format file digunakan untuk
mendefinsikan nama atom dan posisinya pada suatu senyawa dalam bentuk
koordinat baik kartesian atau z-matriks. Dalam bahasa yang lebih
sederhana mungkin bisa dibayangkan jika kita menggambar metana,
bagaimana sih agar posisi dan atom dari metana tadi ditulis agar bisa
dibaca sebuah program.
File
format bisa dibagi menjadi dua macam, common file format dan spesific
file format. Common file format adalah format file yang secara umum
digunakan dan bisa dibaca oleh berbagai macam program. Common file
format digunakan untuk mem-preparasi struktur yang akan digunakan
sebagai input sebuah program. Contoh dari common file format antara lain
file pdb (protein data bank), mol, mol2, xyz. Dengan common file format
kita bisa membuat file antar program, misalnya menggambar di HyperChem kemudian disimpan sebagai .pdb dan dibuka kembali menggunakan GaussView atau Avogadro.
Spesific
file format adalah file format spesifik yang selain berisi atom beserta
posisinya juga berisi perintah-perintah yang dijalan di program
tertentu, contohnya adalah input masing-masing program kimia komputasi,
.com untuk Gaussian, .nw untuk NWChem, .inp untuk GAMESS, .xsf untuk XCrysden dst.
Bisa dikatakan bahwa spesific file format tidak bisa dibaca di program
kimia komputasi lain karena setiap program kimia komputasi memiliki cara
tersendiri dalam membaca perintah dari input file. Oia, selain input,
spesific file format juga bisa berupa output hasil perhitungan.
Sebuah
program yang ditujukan untuk visualisasi biasanya bisa membaca common
file format dan kadang tidak bisa membaca spesific file format baik
berupa input atau output. Oleh karena itu, beberapa program kimia
komputasi juga menyediakan program khusus untuk visualisasi hasil
perhitungan seperti GaussView, XCrysden dll.
Nah,
kali ini kita akan mencoba membahas lebih dekat tentang bagaimana
bentuk dari common file format dan spesific file format. Pertama-tama
kita bahas yang paling populer yaitu .pdb. Apakah itu pdb? File pdb
merupakan sebuah file untuk menuliskan secara 3D posisi atom dalam
sebuah senyawa yang diperoleh dari hasil analisis kristalografi.
Misalnya sebuah bahan seperti protein diisolasi kemudian dikristalkan,
nah posisi dan atom dalam protein tersebut ditulis dalam file .pdb, jadi
.pdb murni hasil eksperimen. Oleh karena itu, file .pdb merupakan
format yang paling sering digunakan, terutama jika berkaitan dengan
protein. Oia, hasil kristalografi tidak selalu harus ditulis dalam
bentuk .pdb tapi bisa juga dalam bentuk .cif (Crystallographic
Information File).
Kemudian
.xyz, bisa dibilang ini merupakan format file yang paling sederhana
karena hanya menampilkan nomor atom dan posisinya dalam bentuk koordinat
kartesian. File .xyz juga bisa ditambah dengan informasi tentang ikatan
antar atom.
Dimanakah kita harus mencari file .pdb, .mol dll? Bisa mencari di google, di supporting information dari jurnal, di sini atau di sini.
Pandai-pandailah dalam googling :D. Jika kita mencari supporting
information dalam sebuah jurnal, maka terkadang ada lampiran yang berisi
tentang atom dan koordinatnya (jika kristal maka ada keterangan tentang
panjang sel). Bisa jadi koordinat yang ada di sana bukan koordinat
kartesian melainkan koordinat fraksional. Bila demikian, koordinat
tersebut bisa diinputkan untuk membentuk kristal.
Lalu
apakah kita bisa mengkonversi antar file format? Ya bisa, menggunakan
program babel. Di Keluarga Debian atau Ubuntu babel bisa diinstall
menggunakan perintah apt-get install openbabel. Babel sendri juga
dimasukkan ke dalam program Gabedit.
0 komentar:
Post a Comment