Mar 17, 2016

Format File Input dan Ouput Software Kimia Komputasi

Format file digunakan untuk mendefinsikan nama atom dan posisinya pada suatu senyawa dalam bentuk koordinat baik kartesian atau z-matriks. Dalam bahasa yang lebih sederhana mungkin bisa dibayangkan jika kita menggambar metana, bagaimana sih agar posisi dan atom dari metana tadi ditulis agar bisa dibaca sebuah program.
File format bisa dibagi menjadi dua macam, common file format dan spesific file format. Common file format adalah format file yang secara umum digunakan dan bisa dibaca oleh berbagai macam program. Common file format digunakan untuk mem-preparasi struktur yang akan digunakan sebagai input sebuah program. Contoh dari common file format antara lain file pdb (protein data bank), mol, mol2, xyz. Dengan common file format kita bisa membuat file antar program, misalnya menggambar di HyperChem kemudian disimpan sebagai .pdb dan dibuka kembali menggunakan GaussView atau Avogadro
Spesific file format adalah file format spesifik yang selain berisi atom beserta posisinya juga berisi perintah-perintah yang dijalan di program tertentu, contohnya adalah input masing-masing program kimia komputasi, .com untuk Gaussian, .nw untuk NWChem, .inp untuk GAMESS, .xsf untuk XCrysden dst. Bisa dikatakan bahwa spesific file format tidak bisa dibaca di program kimia komputasi lain karena setiap program kimia komputasi memiliki cara tersendiri dalam membaca perintah dari input file. Oia, selain input, spesific file format juga bisa berupa output hasil perhitungan.
Sebuah program yang ditujukan untuk visualisasi biasanya bisa membaca common file format dan kadang tidak bisa membaca spesific file format baik berupa input atau output. Oleh karena itu, beberapa program kimia komputasi juga menyediakan program khusus untuk visualisasi hasil perhitungan seperti GaussView, XCrysden dll.
Nah, kali ini kita akan mencoba membahas lebih dekat tentang bagaimana bentuk dari common file format dan spesific file format. Pertama-tama kita bahas yang paling populer yaitu .pdb. Apakah itu pdb? File pdb merupakan sebuah file untuk menuliskan secara 3D posisi atom dalam sebuah senyawa yang diperoleh dari hasil analisis kristalografi. Misalnya sebuah bahan seperti protein diisolasi kemudian dikristalkan, nah posisi dan atom dalam protein tersebut ditulis dalam file .pdb, jadi .pdb murni hasil eksperimen. Oleh karena itu, file .pdb merupakan format yang paling sering digunakan, terutama jika berkaitan dengan protein. Oia, hasil kristalografi tidak selalu harus ditulis dalam bentuk .pdb tapi bisa juga dalam bentuk .cif (Crystallographic Information File).
Kemudian .xyz, bisa dibilang ini merupakan format file yang paling sederhana karena hanya menampilkan nomor atom dan posisinya dalam bentuk koordinat kartesian. File .xyz juga bisa ditambah dengan informasi tentang ikatan antar atom.
Dimanakah kita harus mencari file .pdb, .mol dll? Bisa mencari di google, di supporting information dari jurnal, di sini atau di sini. Pandai-pandailah dalam googling :D. Jika kita mencari supporting information dalam sebuah jurnal, maka terkadang ada lampiran yang berisi tentang atom dan koordinatnya (jika kristal maka ada keterangan tentang panjang sel). Bisa jadi koordinat yang ada di sana bukan koordinat kartesian melainkan koordinat fraksional. Bila demikian, koordinat tersebut bisa diinputkan untuk membentuk kristal.
Lalu apakah kita bisa mengkonversi antar file format? Ya bisa, menggunakan program babel. Di Keluarga Debian atau Ubuntu babel bisa diinstall menggunakan perintah apt-get install openbabel. Babel sendri juga dimasukkan ke dalam program Gabedit.
Kemudian untuk spesific file format yang kita bahas antara lain input NWChem, untuk Gaussian bisa dibaca di sini dan GAMESS bisa dibaca di sini .
 

diedit dari https://neax502.wordpress.com/2012/11/16/file-format-in-computational-chemistry/

0 komentar:

Post a Comment