Mar 17, 2016

Software Kimia Berbayar

Di dunia ini banyak sekali software kimia, tidak cuma software yang berdiri sendiri, tetapi ada juga software yang merupakan bawaan dari instrumen, misalnya XRD, IR dan NMR. Pada tulisan ini akan dibahas software yang digunakan simulasi, pemodelan, dan dan optimasi molekul.

1. HyperChem
HyperChem merupakan software kimia yang menawarkan beragam fungsi mulai dari perhitungan standar kimia komputasi, simulasi yang meliputi dinamika molekular, monte carlo, langevin, QM-MM. HyperChem merupakan software yang paling mudah digunakan baik dari mulai “menggambar” struktur yang click-drag, menu-menu yang mudah dipahami, mendukung beberapa script Tcl, pesan error yang mudah dimengerti, dll.
HyperChem memiliki fitur untuk “menggambar” struktur dan fitur untuk perhitungan yang saling terintegrasi. Jadi setelah selesai menggambar tinggal di build lalu dioptimasi. Banyak dosen yang mengajar menggunakan HyperChem, ya karena mudah digunakan tadi. 
Saat ini HyperChem Linux sudah ada, tapi fiturnya tidak sebanyak untuk yang di Windows karena pengembangan HyperChem dari dulu memang berbasis Windows. Yang menjadi kelemahan HyperChem adalah (ma’af) dia tidak terlalu menggunakan file-file scratch, semua perhitungan di simpan di RAM, jadi ketika mati listrik atau komputer me-restart maka ucapkanlah selamat tinggal pada file yang sedang dirunning dan tidak bisa direstart (paling tidak ini yang kuketahui, kalo ada cara me-restart perhitungan di HyperChem tolong beritahu ya). Selain click and drag di HyperChem juga sudah tersedia template untuk beberapa senyawa organik seperti asam amino dan anorganik seperti beberapa kristal sederhana serta tersedia juga crystal builder yang sederhana di HyperChem.

2. ChemOffice
Selain HyperChem, software yang sering digunakan secara ilegal adalah ChemOffice, pasti mahasiswa kimia sudah pernah mengenalnya. ChemOffice terdiri dari beberapa paket program seperti ChemDraw, ChemBio dll. Yang paling sering digunakan adalah ChemDraw untuk menggambar mekanisme reaksi, struktur senyawa organik. Gambar yang dihasilkanpun bagus dan bisa di-export ke bentuk 3D. Setiap kali ada yang tidak salah, ChemDraw akan mengeluarkan bunyi beep dan muncul kotak merah di titik kesalahan.
Fitur lain yang sering digunakan adalah convert name to structure dan sebaliknya. Selain itu, terdapat plug-in juga untuk Microsoft Office terutama excel. Sangat disayangkan di pelatihan software kimia yang kuketahui, HyperChem dan ChemDraw bajakan dijadikan souvenir untuk para peserta.

3. Gaussian
Gaussian merupakan salah satu software kimia komputasi yang cukup terkenal dan komplit. Saat ini gaussian sudah mencapai versi gaussian 09. Fitur-fiturnya pun juga selalu ditambah dan dilengkapi. Gaussian bisa digunakan untuk menjalankan perhitungan di fasa gas, cair dan padat, bisa untuk simulasi (BOMD), berjalan di platform PC hingga HPC.
Sayangnya Gaussian tidak terlalu user friendly (paling tidak se-user friendly HyperChem) sehingga bagi yang pertama kali menggunakannya harus membaca manualnya dan berbagai tutorial. Gaussian sendiri menuntut si pengguna juga mengerti kimia komputasi jadi tidak asal running. Kata dosenku Gaussian bisa digunakan untuk mendesain new class material from new material, maka dari itu distribusi Gaussian dibatasi.
Program Gaussian sendiri dari dua paket yang pertama GaussView yang dijual terpisah, untuk membuat input dan visualisasi hasil dan Gaussian itu sendiri yang merupakan program kimia komputasi. GaussView merupakan salah satu software yang mudah digunakan, memang sulit pada awalnya tapi jika sudah terbiasa, GaussView menjadi mudah digunakan dan lumayan powerful, cara menggambarnya tidak click and drag jadi perlu sedikit penyesuaian. GaussView juga menyertakan crystal editor di dalamnya.

4. ADF (Amsterdam Density Functional)
Seperti namanya, ADF hanya menyertakan metode density functional theory dengan slater type basis set. Perhitungan DFT akan menjadi lebih cepat bila menggunakan slater type basis set daripada gaussian type basis set. ADF juga bisa digunakan untuk perhitungan di fasa gas, cair dan padat dengan menggunakan program BAND-nya itu. Selain itu, pihak pengembang juga menyediakan program COSMO-RS untuk perhitungan fasa cair dengan dua solven sekaligus sehingga kita bisa menentukan koefisien ekstraksi dari sini.

5. VASP
Program ini banyak digunakan untuk simulasi padatan menggunakan DFT dengan vanderbilt ultrasoft pseudopotential. 

6. NBO
NBO merupakan program yang digunakan untuk analisis orbital natural. Saat ini NBO sudah mencapai versi 5.9. Selain bisa diinstall sebagai program sendiri, NBO juga bisa di-link dengan program lain di antaranya NWChem, GAMESS-US, Jaguar dll. Sementara itu di Gaussian sendiri juga sudah dimasukkan program NBO.

7. dan banyak lagi yang lain...

Tulisan disesuaikan dari https://neax502.wordpress.com/2012/12/31/non-free-chemistry-software/#more-704

0 komentar:

Post a Comment